بزرگترین مشکل آب لوله کشی شهری، مقدار زیادی کلر در آن برای ضدعفونی کردن آب است. واضح است که آب توسط کلر ضدعفونی شده و تا حدودی آلودگی های آن از بین می روند، اما خود کلر نیز ضررهایی برای سلامتی دارد. هنگامی که کلر برای ضد عفونی به آب اضافه می شود، در اثر ترکیب کلر با مواد آلی موجود در آب، تری هالو متان ها ایجاد می شوند. بنابر نظریه های پزشکی وجود این ماده در آب خاصیت سرطان زایی دارد.در آب تصفیه شده شهری، عناصر بسیاری وجود دارد، که برخی از آن ها برای رشد و نمو انسان لازم بوده و در مقابل عناصر دیگری هستند که سلامتی انسان را تهدید می کنند.از جمله این عناصر می توان به عناصری با چگالی بالاتر از 5 گرم بر سانتی متر مکعب اشاره کرد، که به عنوان فلزات سنگین شناخته می شوند. در میان فلزات سنگین، عناصر کادمیوم، سرب، جیوه و آرسینک به دلیل سمی بودن خطر مهمی برای سلامت انسان به شمار می آیند.سرب، فلزی نرم است که در ساختمان سازی مورد استفاده قرار می گیرد و دارای کاربرد صنعتی می باشد. با وجود فوایدی که سرب دارد، اگر وارد آب شده و با آن مخلوط شود خطرناک است و برای انسان خسارت های جبران ناپذیری به بار می آورد.بعد از تصفیه آب در تصفیه خانه ها، به دلیل این که بسیاری از خانه ها و سیستم های تصفیه آب قدیمی هنوز از لوله کشی سربی و یا از شیر آلات برنجی که دارای مقداری سرب هستند، استفاده می کنند؛ بنابر این ممکن است آب مجددا با سرب آلوده شود.حال اگر آب منطقه شما دارای خاصیت اسیدی (PH کمتر از 7) هم باشد، قطعا میزان خوردگی بسیار بیش تر می شود. خوردگی بیش از اندازه سرب، افزایش غلظت آن در آب را نتیجه می دهد که بسیار خطرناک بوده و با گذشت زمان باعث بروز مسمومیت با سرب در افراد می شود.متاسفانه امروزه به دلیل گسترش صنایع مختلف، روند افزایش غلظت این فلزات در آب آشامیدنی رو به رشد است و تبدیل به یک بحران و مسئله بسیار مهم برای کشورهای مختلف شده است. مصرف آب آشامیدنی حاوی این آلاینده ها در دراز مدت باعث بروز اختلالات سیستم عصبی، تضعیف سیستم دفاعی بدن، ایجاد اختلال در عملکرد گلبول های سفید بدن، کاهش رشد اندام ها در نوجوانان و بیماری های صعب العلاج مانند سرطان می شود.
نیترات، دیگر آلاینده خطرناک آب آشامیدنیاز دیگر آلاینده های خطرناک موجود در آب آشامیدنی، که می تواند بسیار برای سلامتی خطرناک باشد، نیترات است. نیترات در اثر وجود یک سری از میکروارگانیسم ها و کودهای گیاهی در خاک پدید می آید و طی فرآیندهایی به آب های زیر زمینی راه پیدا کرده، در آب حل می شود و به ماده خطرناکی تبدیل می گردد. نیترات موجود در آب به سختی از بین می رود و برای حذف آن از آب، باید از دستگاه های تصفیه آب پیشرفته با قابلیت حذف نیترات و نیتریت استفاده کرد.